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How to compile the example



1. SE USI IL TUO PORTATILE E LA MACCHINA VIRTUALE


Un sistema operativo virtuale con la distribuzione Linux è stato preparato usando il programma VMware. Si tratta di un'installazione "virtuale" che può essere usata su qualunque sistema operativo, dopo aver scaricato ed installato VMware player. All'interno della distribuzione virtuale è già stato installato Geant4 con le necessarie librerie e una recente versione del programma di analisi Root.

 

Procedura da seguire per usare la macchina virtuale:

 

  1. Scarica e nstalla la più recente versione di VMware dal sito http://www.vmware.com/ o copiala dal dvd che ti verrà consegnato.
  2. Installa VMware
    • per Windows: cliccare sull'eseguibile e seguire le istruzione
    • per Linux: eseguire il file digitando ./VMware-...-Linux32.bundle.sh o ./VMware-...-Linux64.bundle.sh
    • per Mac: chiedi a noi una versione di VMware per mac
  3. Copia il file "VirtualMachineGeant4.tar.gz" dal dvd in una partizione in cui hai spazio a sufficienza (circa 15 Gb necessari). NON usare il file "VirtualMachineGeant4.zip".
  4. Fai partire VMware e apri l'installazione Linux virtuale mettendo il corretto percorso (file .vmx)
  5. Se ti chiede la provenienza della macchina, clicca "I copied it"
  6. Se ti chiede di installare i tools aggiuntivi VMware, rimanda a dopo l'installazione.

 


A questo punto comincia il boot della distribuzione linux virtuale fino a quando ti verrà chiesto utente e password.

 

  1. Inserisci i seguenti dati:
    • nome utente: utente
    • password: utente
  2. Apri una shell.
  3. Esegui lo script di configurazione digitando: "source setup-geant4-09-03-p01.csh"  
  4. copia l'applicazione "hadrontherapy" dalla sua directory originale (cp -r /usr/local/geant4.9.3.p01/example/advanced/hadrontherapy $HOME) alla tua home, nel caso in cui non dovessi già trovarla
  5. entra nella directory hadrontherapy ("cd hadrontherapy")
  6. digita il comando "gmake"; la compilazione dell'applicazione ha inizio
  7. ora puoi eseguire l'applicazione digitando il comando "G4WORKDIR/bin/Linux-g++/Hadrontherapy macro/proton_therapy.mac

 

  • Modifica eventualmente la risoluzione, scegliendo quella per te più appropriata
  • Per qualsiasi modifica delle impostazioni ti verrà richiesta la password di root (administrator)
  • Per uscire dalla schermata della macchina virtuale e tornare al tuo SO, digita Ctrl+Alt.
  • Per entrare ad interagire con la macchina virtuale, clicca col mouse dentro la schermata.

 




2. SE TI CONNETTI VIA SSH A UNO DEI COMPUTER DELL'AULA


 

Su ogni portatile è necessario disporre di: un client SSH (per l'accesso alla shell remota), un client SFTP (per l'eventuale trasferimento di file fra portatile e host remoto), un X server (per la visualizzazione degli output grafici). Ogni partecipante ha a disposizione un proprio account personale predisposto su un particolare host. Le credenziali di accesso per il suo account sono le seguenti:

 

host: ....................................................................

user: ....................................................................

password: ....................................................................

 

  • Utenti con portatile con s.o. Linux

Non è necessaria l'installazione di alcun software (in quanto, in genere, installati di default). Per l'accesso alla shell remota sarà sufficiente digitare, da una shell locale, il seguente comando (sostituendo ovviamente i parametri “user” e “host” con quelli forniti sopra):

ssh -X user@host


e quindi rispondere alla richiesta della password. L'opzione “-X” permetterà la visualizzazione degli output grafici sull'X server del portatile. Per trasferire file attraverso SFTP si può utilizzare, per es., il programma konqueror (KDE) digitando, nel campo “Indirizzo”, l'URL:

sftp://user@host

 

  • Utenti con portatile Mac OS X

È necessario che sia stato installato il supporto a X11 dai dischi di sistema.

Una volta lanciato X11 apparirà la familiare finestra di xterm e sarà sufficiente digitare il seguente comando (sostituendo ovviamente i parametri “user” e “host” con quelli forniti sopra):

 

ssh -X user@host


Per trasferire file attraverso SFTP è possibile utlizzare il client in linea di comando sftp o installare il comodo client grafico cyberduck fornito nel pen-drive.

 

  • Utenti con portatile con s.o. Windows XP/Vista

    Installare l'X server e un client SSH (per chi non lo avesse).
    Per la procedura di installazione e configurazione dell'accesso remoto con Windows, vedere "Allegato 1"

Compilazione ed esecuzione dell'applicazione.
Quando hai finito di installare l'ambiente necessario, puoi compilare ed eseguire l'applicazione "Hadrontherapy"

 

  1. apri una shell
  2. apri lo script di configurazione con un editor (emacs setup-geant4-09-03-p01.csh&")
  3. esegui lo script di configurazione digitando "source setup-geant4-09-03-p01.csh"  
  4. copia l'applicazione "hadrontherapy" dalla sua directory originale (cp -r geant4.9.3.p01/example/advanced/hadrontherapy $HOME) alla tua home
  5. entra nella directory hadrontherapy ("cd hadrontherapy")
  6. digita il comando "gmake"; la compilazione dell'applicazione ha inizio
  7. ora puoi eseguire l'applicazione digitando il comando "G4WORKDIR/bin/Linux-g++/Hadrontherapy macro/proton_therapy.mac"

 

 

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